การดูแลบ่อออนเซ็นอย่างถูกวิธีช่วยยืดอายุการใช้งานและรักษาความสวยงาม ควรหมั่นทำความสะอาดระบบกรอง ตรวจเช็คอุณหภูมิ และดูแลผิวไม้อย่างสม่ำเสมอ
สำหรับบ่อไม้ ควรรักษาระดับน้ำให้เหมาะสมเพื่อลดการหดตัวของไม้ และปรึกษาทีมช่างเมื่อต้องการบำรุงรักษาใหญ่ เพื่อให้บ่อพร้อมใช้งานและปลอดภัยอยู่เสมอ